Международное сотрудничество Марийского государственного университета нацелено на продвижение экспорта образовательных услуг, развитие академической мобильности студентов и преподавателей и расширение образовательного и научного межвузовского сотрудничества.
В настоящий момент в университете обучается более 2000 иностранных студентов из 43 стран мира (регионы: СНГ, Центральная Азия, Южная и Юго-Восточная Азия, Африка, Северная Африка, Южная Америка). Более 120 слушателей ежегодно проходят обучение на подготовительном отделении. Для интеграции иностранных студентов в образовательное пространство в вузе реализуется программа адаптации, предполагающая обучение на русском и английском языках.
В национальном рейтинге университетов Интерфакс МарГУ занимает 38 место по итогам 2022 г. в разделе Интернационализация. Согласно социологическим данным по обучению иностранных граждан в образовательных организациях высшего образования Российской Федерации, представленным Государственным институтом русского языка им. А. С. Пушкина в 2020 г., Марийский государственный университет входит в число 50 вузов-лидеров Российской Федерации по обучению иностранных граждан по очной форме обучения и занимает 35 место.
В университете действуют программы академической мобильности: включенное обучение, организация практики за рубежом, программы краткосрочной мобильности. Ежегодно более 30 студентов и преподавателей проходят обучение/стажировку в иностранных образовательных организациях. В рамках договоров о сотрудничестве с зарубежными образовательными организациями также ведется работа по развитию академической мобильности, проведению совместной научной работы, совместных научных публикации, организации визит-профессоров и т.д.
Марийский государственный университет входит в состав Ассоциации финно-угорских университетов и является одним их центров сохранения культуры, истории и языков финно-угорских народов. Ежегодно вуз является организатором Международного студенческого форума «Богатство финно-угорских народов», Летней школы марийского языка для иностранных граждан и других культурных мероприятий.
Кроме того, Марийский государственный университет является постоянным членом Евразийской ассоциации университетов, Ассоциации международного сотрудничества вузов Приволжского федерального округа, Российско-индийской ассоциации университетов, Российско-китайской ассоциации классических университетов.
Университет включен в Мировой справочник медицинских школ (WDOMS), а также входит в список вузов, признаваемых Медицинским Советом Индии.